中國科學(xué)院過(guò)程工程研究所前身是1958年成立的中國科學(xué)院化工冶金研究所。五十多年來(lái)，研究范圍逐步擴展到能源化工、生化工程、材料化工、資源/環(huán)境工程等領(lǐng)域，學(xué)科方向由“化工冶金”發(fā)展為“過(guò)程工程”。2001年更為現名。
      在國家“十三五”時(shí)期和中國科學(xué)院“創(chuàng )新2020”實(shí)施過(guò)程中，過(guò)程工程所進(jìn)一步明確“引領(lǐng)過(guò)程工程科學(xué)前沿，支撐過(guò)程工業(yè)技術(shù)創(chuàng )新”的發(fā)展目標，瞄準國家戰略需求和世界科技前沿，針對當前制約過(guò)程工程跨越發(fā)展的突出問(wèn)題，制定并實(shí)施“一三五”戰略規劃和科技布局：“一個(gè)定位”，即定位于過(guò)程工程的共性理論、關(guān)鍵技術(shù)及系統集成。面向過(guò)程工業(yè)轉型升級、產(chǎn)品結構調整和戰略新興產(chǎn)業(yè)發(fā)展的重大需求，發(fā)展過(guò)程工程科學(xué)前沿；“三項重大突破”，即介尺度理論與重大應用、礦產(chǎn)資源高效清潔利用、生物制藥過(guò)程關(guān)鍵技術(shù)與裝備；“五項重點(diǎn)培育方向”，即油氣高效轉化與綠色工程、功能材料化工及工程應用、生物質(zhì)煉制過(guò)程強化與集成技術(shù)、綠色反應與分離工程、煤清潔轉化及綜合利用技術(shù)。圍繞重大突破和產(chǎn)出，探索適應過(guò)程工程跨越發(fā)展的體制機制，提出了創(chuàng )新科研組織模式和完善成果轉化鏈兩項重大改革舉措，形成符合過(guò)程工程學(xué)科發(fā)展規律的科研創(chuàng )新體系。
      這些年來(lái)，研究所從無(wú)到有、從小到大，現擁有中關(guān)村本部、廊坊分部和鄭州分所三個(gè)園區，中關(guān)村本部面向基礎理論側重原始創(chuàng )新，廊坊分部支撐成果轉化進(jìn)行模式驗證，鄭州分所推進(jìn)產(chǎn)業(yè)應用進(jìn)行示范工程，形成“一所兩翼”研發(fā)格局。研究所現有四個(gè)國家級研發(fā)平臺：生化工程國家重點(diǎn)實(shí)驗室、多相復雜系統國家重點(diǎn)實(shí)驗室、濕法冶金清潔生產(chǎn)技術(shù)國家工程實(shí)驗室、國家生化工程技術(shù)研究中心（北京）；六個(gè)省部級研發(fā)平臺：中科院綠色過(guò)程與工程重點(diǎn)實(shí)驗室、離子液體清潔過(guò)程北京市重點(diǎn)實(shí)驗室、納米材料北京市工程技術(shù)研究中心、過(guò)程污染控制環(huán)境工程研究中心、生物質(zhì)研究中心、循環(huán)經(jīng)濟技術(shù)研究中心。研究所以促進(jìn)重大產(chǎn)出、承擔重大任務(wù)、培育人才隊伍為核心，集中優(yōu)勢力量組建12個(gè)研究部，大幅提升承擔重大科研任務(wù)的能力。研究所科研儀器設備投入逐年增加，通過(guò)購入、創(chuàng )新研制等方式大力進(jìn)行科研裝備建設，目前資產(chǎn)總值已達9.3億元，其中單價(jià)50萬(wàn)元以上先進(jìn)設備190臺，總值2.8億元，120余臺先進(jìn)通用儀器設備實(shí)現了公用共享，有力地支撐了研究所科研快速發(fā)展，并為上百家科研院所、大學(xué)、公司等單位提供了大量的分析測試服務(wù)，得到用戶(hù)的廣泛認可。主辦《過(guò)程工程學(xué)報》、《計算機與應用化學(xué)》、PARTICUOLOGY（《顆粒學(xué)報》）和 GREEN ENERGY & ENVIRONMENT（《綠色能源》）四個(gè)學(xué)術(shù)期刊，一級學(xué)會(huì )中國顆粒學(xué)會(huì )掛靠我所。